O Início da Jornada
A história de “Ocarina of Time” começa na pitoresca e serena Floresta Kokiri, lar dos Kokiri, uma raça de crianças eternas que nunca crescem e vivem sob a proteção da Grande Árvore Deku. Link, o protagonista, é um dos Kokiri, mas ao contrário dos outros, ele não tem uma fada guardiã. Uma noite, Link é atormentado por um pesadelo onde vê um homem maligno, Ganondorf, perseguindo a Princesa Zelda. Link é então despertado pela fada Navi, enviada pela Grande Árvore Deku, que o convoca para uma missão importante.
Ao chegar à Grande Árvore Deku, Link descobre que ela foi amaldiçoada por Ganondorf. Link entra na árvore e enfrenta vários desafios e inimigos, culminando em uma batalha contra o parasita Gohma. Apesar de Link destruir a criatura, a Grande Árvore Deku sucumbe à maldição, mas não antes de revelar a Link a verdade sobre seu destino. Ela lhe conta sobre Ganondorf, o rei dos ladrões Gerudo, que planeja obter a Triforce, um artefato sagrado que concede poder absoluto ao seu possuidor. A árvore entrega a Link a Esmeralda Kokiri, a primeira das três pedras espirituais necessárias para abrir a Porta do Tempo.
A Batalha contra o Mal
Link então parte para coletar as outras duas pedras espirituais. Sua primeira parada é a Montanha da Morte, onde ele conhece os Gorons, uma tribo de seres rochosos. O líder dos Gorons, Darunia, está preocupado com a fome de seu povo devido à obstrução da Caverna Dodongo por criaturas malignas. Link se aventura na caverna, derrota o dinossauro infernal King Dodongo e recupera o Rubi Goron. Em gratidão, Darunia se torna um dos melhores amigos de Link.
A próxima parada de Link é o Domínio Zora, lar dos Zoras, uma raça aquática. O rei Zora está desesperado, pois sua filha, a Princesa Ruto, desapareceu dentro do ventre da Jabu-Jabu, uma enorme criatura aquática que serve de guardião para os Zoras.
Link entra em Jabu-Jabu e encontra Ruto, salvando-a das garras de Barinade, uma criatura parasítica. Em agradecimento, Ruto entrega a Link a Safira Zora.
Com as três pedras espirituais em mãos, Link retorna ao Castelo de Hyrule, onde encontra a Princesa Zelda. Zelda lhe conta sobre seus sonhos proféticos e a necessidade de impedir Ganondorf. Eles combinam de usar as pedras espirituais para abrir a Porta do Tempo no Templo do Tempo, que guarda a lendária Master Sword, a única arma capaz de derrotar o mal. No entanto, ao retornar, Link e Zelda testemunham Ganondorf atacando o castelo. Zelda joga a Ocarina do Tempo no rio antes de ser capturada por Ganondorf. Link recupera a ocarina e, seguindo as instruções de Zelda, toca a Canção do Tempo para abrir a Porta do Tempo.
Viagem no Tempo
Ao puxar a Master Sword, Link é transportado sete anos no futuro, onde acorda no Reino Sagrado. Rauru, um dos antigos Sábios, explica a Link que ele foi mantido em um estado de sono porque era jovem demais para manejar a Master Sword de forma eficaz. Durante esses sete anos, Ganondorf usou o tempo para conquistar Hyrule, mergulhando o reino em trevas. Agora um jovem adulto, Link é encarregado de despertar os seis Sábios restantes para derrotar Ganondorf.
Ao retornar ao mundo de Hyrule, Link encontra Sheik, um guerreiro misterioso que mais tarde se revela ser a Princesa Zelda disfarçada. Sheik guia Link em sua jornada para libertar os Sábios, cada um guardando um templo corrompido pelas forças de Ganondorf.
Libertação dos Sábios
Link parte para o Templo da Floresta, onde encontra Saria, sua amiga de infância e uma dos Sábios. Ele derrota o fantasma de Ganondorf, Phantom Ganon, e desperta Saria como a Sábia da Floresta.
No Templo do Fogo, Link encontra Darunia, que tenta enfrentar Volvagia, um dragão ressuscitado por Ganondorf, mas é salvo por Link. Darunia é despertado como o Sábio do Fogo após a derrota de Volvagia.
O Templo da Água no Lago Hylia é guardado por Ruto, agora crescida e mais sábia. Link enfrenta o perigoso Morpha e desperta Ruto como a Sábia da Água.
No Templo da Sombra, Link descobre que Impa, a guardiã de Zelda, é a Sábia da Sombra. Ele derrota o monstro Bongo Bongo para libertá-la.
Finalmente, Link viaja para o Templo do Espírito no Deserto Gerudo, onde encontra Nabooru, a líder dos Gerudos. Após derrotar as feiticeiras Koume e Kotake, Link desperta Nabooru como a Sábia do Espírito.
O Confronto Final
Com todos os Sábios despertos, Link e Zelda planejam a investida final contra Ganondorf. Os Sábios usam seu poder combinado para criar uma ponte de luz que leva ao castelo de Ganondorf.
Link enfrenta e derrota Ganondorf em uma batalha intensa no topo do castelo. No entanto, Ganondorf usa seu último recurso e se transforma na monstruosa forma de Ganon.
Em uma batalha final dramática, Link, com a ajuda de Zelda e os Sábios, consegue selar Ganon no Reino Sagrado, restaurando a paz em Hyrule.
Zelda usa a Ocarina do Tempo para enviar Link de volta ao seu tempo original, permitindo-lhe viver a infância que lhe foi roubada.
E assim concluindo essa épica jornada.